Koncepcja drzewa filogenetycznego we współczesnej biologii W roku 2009 tygodnik New Scientist napisał, że drzewo filogenetyczne nie jest dobrą wizualizacją ewolucji na poziomie DNA. Jest to spowodowane tym, że oprócz „pionowego” dziedziczenia genów, które reprezentuje drzewo filogenetyczne Darwina, na ewolucję miały wpływ mechanizmy, których na drzewie przedstawić się nie da: horyzontalny transfer genów, endosymbioza i powstawanie hybryd międzygatunkowych. Niektórzy zaproponowali, żeby zamiast drzewa ewolucję przedstawiać w postaci sieci powiązań genetycznych między gatunkami.
Darwin argumentował, że drzewo filogenetyczne jest faktem przyrodniczym wymagającym wyjaśnienia. Proponował za wyjaśnienie ewolucję poprzez dobór naturalny. W koncepcji Darwina drzewo filogenetyczne było podstawową zasadą rozumienia historii życia na Ziemi. Z tej koncepcji wynikało, że najpierw pojawił się ostatni uniwersalny przodek wszystkich żywych form – LUCA – to z niego wyrósł pień drzewa filogenetycznego. Z pnia zaczęły wyrastać gałęzie, by utworzyć wielkie rozgałęzione drzewo. Każda gałąź drzewa reprezentowała osobny gatunek. Punkt rozgałęzienia w drzewie to miejsce, gdzie z jednego gatunku ewoluowały kolejne.