W ich wyniku doszło do porozumienia, na podstawie którego Czernichowski ze swoimi ziemiami w 1669 przyjął poddaństwo rosyjskie i wyraził skruchę za zabójstwo wojewody carskiego, natomiast car ukazem z 15 marca 1672 skazał Czernichowskiego wraz ze współtowarzyszami na śmierć za morderstwo, a ukazem wydanym dwa dni później ułaskawił wszystkich i dał im nagrodę pieniężną. W tym samym roku mianował Czernichowskiego wicewojewodą ałbazińskim. W 1675 Czernichowski stanął na czele wyprawy rosyjskiej przeciwko Chinom w północnej Mandżurii. Zmarł tuż po tej wyprawie. W różnych źródłach podaje się datę śmierci (i wyprawy do Mandżurii) na 1674 lub 1675.
Czernichowski miał trzech synów (Fiodora, Anezyma i Wasyla), którzy po rozejmie andruszowskim zyskali możność powrotu do Polski, jednak dobrowolnie postanowili zostać na Syberii. Osadę Jaxa (Ałbazin) Rosja zmuszona była oddać Chinom w 1689 wraz z całym rejonem nadamurskim. Ostatni dokument po polsku, władze chińskie skierowały do ludności osady w 1685Акты об осаде и взятии Албазина Китайцами, już po śmierci Czernichowskiego. Były to warunki proponowanego pokoju.