Zdobyte i złupione w 212 p.n.e. przez Rzymian miasto stało się stolicą pierwszej prowincji rzymskiej, czyli Sycylii.

Według relacji biblijnej ok. 59 roku n.e. z Malty przypłynął aleksandryjski statek, na którego pokładzie znajdował się Łukasz Ewangelista, Arystarch i przewożony na proces do Rzymu Paweł z Tarsu. Dzieje Apostolskie podają, iż statek zatrzymał się w Syrakuzach na trzy dni. W tym okresie miasto podzielone było na dwie części: jedna znajdowała się na wyspie Ortygia, gdzie prawdopodobnie przybił statek, a druga na lądzie Sycylii.

W VII i VIII wieku Syrakuzy były napadane przez muzułmańskich Arabów, w 668 zostały złupione przez nich podczas śmiałego wypadu z północnej Afryki na Sycylię. Wraz z całą wyspą miasto dostało się pod panowanie arabskie w 878. W 1086 Syrakuzy zajęli Normanowie pod wodzą Rogera I zwanego Wielkim Księciem, którzy stworzyli rządzone przez własną dynastię Królestwo Sycylii.

Zabytki Na przełomie V i IV wieku p.n.e. tyran Dionizjos IW języku polskim częściej używa się formy Dionizjusz. włączył do miasta i ufortyfikował płaskie wzgórze Epipolaj, a umacniając cały system obronny (długości około 22 km;