Po skoku aklimatyzacja do realiów okupacyjnych, następnie od października 1943 roku przydzielony jako kierownik referatu materiałów i sprzętu zrzutowego do Biura Badań Technicznych Wydziału Saperów Oddziału III Komendy Głównej Armii Krajowej (na tym stanowisku zastąpił por. cc Stanisława Kotorowicza) oraz jako instruktor Kedywu.
W powstaniu warszawskim szef służb saperskich Podobwodu Śródmieście Południowe, działał także w zespole produkcji środków walki, dowodzonym przez Cichociemnego gen. dyw. Tadeusza Kossakowskiego ps. Krystynek. Poległ 17 września 1944 roku od salwy moździerzowej, trafiony odłamkami przy zbiegu ul. Mokotowskiej oraz ul. Wilczej. Pochowany w ogrodzie za domem przy ul. Mokotowskiej 48, po wojnie ekshumowany. Pochowany na cmentarzu Powązki Wojskowe w Warszawie (kwatera A25-8-9)Wyszukiwarka cmentarna - Warszawskie cmentarze.180px|thumb|Tablica w kościele św. Jacka w Warszawie, upamiętniająca poległych cichociemnych, w tym Mirosława Kryszczukajtisa Odznaczenia Został odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari.
Upamiętnienie Jego imię i nazwisko znajduje się na Murze Pamięci w Muzeum Powstania Warszawskiego: kolumna 132, pozycja 36.