Stacje Kraków Główny to największa węzłowa stacja pasażerska Krakowa. Bryła dawnego zabytkowego dworca kolejowego położona jest w samym centrum miasta, w bezpośrednim sąsiedztwie Starego Miasta. Odprawa podróżnych odbywa się w otwartym w 2014 roku dworcu, zintegrowanym z Krakowskim Centrum Komunikacyjnym.
Kraków Płaszów jest drugim przystankiem na trasie Pociągu Papieskiego. Stacja położona w dzielnicy Krakowa – Podgórze. Rozgałęziają się tam linie do Oświęcimia, Krakowa Głównego i Przemyśla Głównego. Niedaleko stąd znajduje się muzeum obozu koncentracyjnego Płaszów, którego komendantem był jeden z największych zbrodniarzy hitlerowskich Amon Göth.
Kraków Łagiewniki to przystanek osobowy w dzielnicy Łagiewniki, gdzie mieści się Sanktuarium Bożego Miłosierdzia, konsekrowanym podczas ostatniej pielgrzymki papieża Jana Pawła II do Polski w 2002 roku. Na przystanku odbyło się poświęcenie Pociągu Papieskiego przez Benedykta XVI, podczas jego wizyty w Polsce.