W 1459 r. hospodar mołdawski Stefan III Wielki złożył tutaj hołd Kazimierzowi Jagiellończykowi. Doszło wtedy do upokorzenia hospodara: w momencie składania przez niego hołdu lennego rozwarły się ściany namiotu i wojsko polskie oraz wojsko mołdawskie zobaczyło Stefana klęczącego przed królem. 15 września 1485 Stefan złożył w Kołomyi ponownie hołd Kazimierzowi Jagiellończykowi. W XVI i XVII wieku Kołomyja była ośrodkiem wydobycia cennej wtedy soli. W pierwszej połowie XVII wieku z powodu zalewania miasta przez rzekę Prut przeniesiono miasto na nowe miejsce. W XVIII wieku w mieście wśród miejscowych Żydów bardzo rozwinął się chasydyzm.
Przez cały okres swojej historii miasto było nieustannie niszczone przez Tatarów, Kozaków oraz wojska mołdawskie.
W zaborze austriackim mały|lewo|skala|Pierwsza wystawa etnograficzna (1880) mały|Miasto przed 1892 r. Od 1772 r. Kołomyja znajdowała się w zaborze austriackim.
W 1876 r. powstała w Kołomyi Szkoła Przemysłu Ceramicznego nazywana też Krajową Szkołą Garncarstwa. Cieszyła się ona powodzeniem, co spowodowało, że wokół niej skupiła się znaczna grupa artystów ceramików (m.in. rodziny Nappów, Sławińskich i Sowickich).