Chorągwie krzyżackie znajdowały się w katedrze do 1797 po czym zostały wywiezione przez Austriaków do Wiednia i ślad po nich zaginąłJózef Mitkowski, Jan Długosz.. W 1900 przy okazji zbiórki na odnowę Wawelu wykonano 50 chorągwiMagdalena Piwocka, Znaki świetnego zwycięstwa, Focus – Historia, Nr 7-8. 2010.. W okresie międzywojennym, w latach 1937–1939 wykonano dalsze kopie chorągwi krzyżackich (32) i zawieszono je na Wawelu. 18 maja 1940 władze Generalnego Gubernatorstwa z pełnymi honorami wojskowymi przekazały kopie do Malborka wraz z oryginałem rękopisu Długosza. Część z nich zaginęła podczas wojny, niektóre przetrwały. Ambasada Polska w Londynie zakupiła rękopis Banderii, który znalazł się w londyńskim antykwariacie, i przekazała do stolicy. Obecnie Banderia Prutenorum przechowywana jest w bibliotece Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. W 1962 odtworzono 7 kolejnych sztandarów. Pozostałe 36 chorągwi zostało zrekonstruowanych w ostatnich latach w Pracowni Konserwacji Tkanin Zamku Królewskiego na Wawelu.