Przeszczepienie allogeniczne wykonuje się po pobraniu szpiku kostnego od dobranego dawcy. Biorca otrzymał przedtem duże dawki chemioterapii i napromieniowania całego ciała. Śmiertelność wynosi 20-25% pacjentów umiera w ciągu pierwszych 3 miesięcy. Chorzy cierpią na ogół z powodu redukcji układu odpornościowego, gdy komórki obcego szpiku kostnego atakują tkanki nowego organizmu (choroba przeszczep przeciw gospodarzowi). Poza tym, przeszczepów dokonuje się tylko u osób poniżej 55 roku życia, co znacznie ogranicza ich zastosowanie. Tylko u 5-10% chorych na szpiczaka mnogiego można dokonać przeszczepu szpiku odpowiednio dobranego dawcy Przeszczepienie autogeniczne polega na pobraniu od pacjenta jego własnego szpiku lub komórek krwi obwodowej i podaniu ich z powrotem po zakończeniu chemioterapii lub napromieniowania dużymi dawkami. Granica wieku stosowania tej metody to 65 lat. Śmiertelność pacjentów po przeszczepieniach autogenicznych wynosi poniżej 10%. Ryzyko niepowodzenia jest spowodowane niemożliwością zniszczenia wszystkich komórek szpiczaka.