Patriarcha zorganizował kursy dla lektorów, psalmistów i chórzystów cerkiewnych, sam co wtorek występował z otwartymi kazaniami. Już w pierwszych latach sprawowania przezeń urzędu dostrzegalny stał się wzrostu liczby osób uczęszczających do cerkwi. W 1985 Eliasz II uzyskał zgodę Rady ds. Religii na wydanie przekładu Biblii na współczesny język gruziński, ukończony w 1989.
W okresie pieriestrojki, która przyniosła zmianę stosunku państwa radzieckiego do Kościołów prawosławnych, patriarcha uzyskał zgodę na otwarcie w Tbilisi Akademii Duchownej oraz reaktywację kolejnych 46 parafii. 9 kwietnia 1989, w czasie manifestacji zwolenników niepodległości Gruzji, wzywał uczestników protestu do spokoju i bez skutku skierował demonstrantów do cerkwi Kaszueti, by uniknąć rozlewu krwi. Manifestacja ta została rozpędzona przez wojsko radzieckie, padło 19 ofiar śmiertelnych. Podczas wojny domowej w Gruzji w latach 90. apelował o pokojowe rozwiązanie kryzysu i umożliwił walczącym stronom prowadzenie negocjacji w siedzibie Patriarchatu.
Od 1978 do 1983 Eliasz II był przewodniczącym Światowej Rady Kościołów.