Dodatkowo, od 1938 roku kibuc był jedną z głównych baz Specjalnych Jednostek Nocnych tworzonych i szkolonych przez brytyjskiego kapitana Orde’a Wingate’a. Ich celem było prowadzenie regularnej walki z arabskimi gangami napadającymi na żydowskie osady. Jednostki te przeprowadzały nocne operacje na terytorium całej Palestyny, organizując zasadzki i atakując arabskie milicje. Podczas II wojny światowej kibuc był bazą kompanii szturmowych Palmach.
W poszukiwaniu skutecznego rozwiązania narastającego konfliktu izraelsko-arabskiego w dniu 29 listopada 1947 roku została przyjęta Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181. Zakładała ona między innymi, że kibuc En Charod miał znaleźć się w granicach nowo utworzonego państwa żydowskiego. Arabowie odrzucili tę rezolucję i dzień później doprowadzili do wybuchu wojny domowej w Palestynie. Od samego początku wojny okoliczne wioski były wykorzystywane przez arabskie milicje, które sparaliżowały żydowską komunikację w całym regionie. Z tego powodu siły żydowskiej Hagany przeprowadziły szereg operacji i w dniu 26 marca 1948 roku zajęły oraz wysiedliły pobliską arabską wieś Kumja. W wyniku I wojny izraelsko-arabskiej (1948–1949) cała okolica znalazła się w państwie Izrael, co umożliwiło dalszy stabilny rozwój kibucu En Charod.