Kiedy starania te spełzły na niczym, Dupont razem z większością parlamentu zagłosował za usunięciem Fielda z urzędu. Nowym premierem został Ian Smith. W jego rządzie Clifford Dupont oprócz teki ministra sprawiedliwości został też wicepremierem.
Od sierpnia 1964 był ministrem spraw zagranicznych, a od czerwca 1965 - obrony. W listopadzie 1965, kiedy nie było już szans na pomyślne zakończenie rokowań z Wielką Brytanią (która przyznanie niepodległości uzależniała od nadania Murzynom pełni praw wyborczych, czemu Front Rodezyjski ostro się sprzeciwiał), Dupont poparł projekt jednostronnego ogłoszenia niepodległości i jako drugi (pierwszy był Ian Smith) sygnował jej deklarację.
Wobec zaistniałej sytuacji Dupont został mianowany przez Smitha Administratorem Rządu Rodezji (tj. odpowiednikiem gubernatora w pozostałych krajach Commonwealthu). Ponieważ Londyn nie uznał Rodezji i na jego prośbę członkowie Rady Bezpieczeństwa ONZ nałożyli na Rodezję sankcje gospodarcze, rząd Rodezji zerwał wszystkie stosunki łączące go z Wielką Brytanią i Wspólnotą Narodów oraz ogłosił kraj republiką. Pierwszym jej prezydentem wybrano właśnie Duponta, który objął urząd 16 kwietnia 1970 i pełnił go do 31 grudnia 1975, kiedy to zrezygnował z powodów zdrowotnych.