Niedoskonałości kategorii Alanda Nie zawsze wiadomo, dlaczego dany rękopis zaliczony został do II, a nie do III kategorii. Kodeks Augiański zaklasyfikowany został do II kategorii, podczas gdy podobny do niego Kodeks Boerneriański – do III kategorii. Kwestionowanym bywa zaliczenie grupy tzw. „purpurowych kodeksów uncjalnych” (Φ, N, O, Σ) do kategorii V, ponieważ reprezentują tekst bizantyjski we wczesnej jego fazie.
W Kodeksie Aleksandryjskim tekst Ewangelii zaliczony został do III kategorii, natomiast tekst pozostałych ksiąg NT – do I kategorii. W Kodeksie Porfirianus (025) tekst księgi Dziejów Apostolskich zaliczony został do V kategorii, natomiast pozostałych ksiąg – do III kategorii. Metody tej jednak nie stosuje się przy Kodeksie Efrema i innych eklektycznych rękopisach, nawet tych, w których łatwo wyodrębnić partie przekazujące inny tekst (np. Kodeks Koridethi (038)).
Kodeks 055 — jest to zbiór komentarzy do czterech Ewangelii — nie został zaliczony do żadnej z kategorii. Kodeks 080, ze względu na krótkość, nie został zaliczony do żadnej z kategorii. Kodeks 0100, 0196 nie zostały zaliczone do żadnej z kategorii.