U pacjentek z niedoczynnością tarczycy często występują zmiany w cyklu miesiączkowym. Przypuszcza się, że jest to spowodowane zwiększonym poziomem TRH, który stymuluje uwalnianie zarówno TSH, jak i prolaktyny. Zwiększona poziom prolaktyny hamuje uwalnianie LH i FSH, które są niezbędne do wystąpienia owulacji.
Pacjentki z nadczynnością tarczycy mogą również cierpieć na skąpe krwawienie miesiączkowe lub brak miesiączki. Globulina wiążąca hormony płciowe jest zwiększona w przypadku nadczynności tarczycy. To z kolei zwiększa całkowity poziom testosteronu i estradiolu. U pacjentów z nadczynnością tarczycy odnotowano również zwiększone poziomy LH i FSH.
Zespół policystycznych jajników Zespół policystycznych jajników (PCOS) jest częstym zaburzeniem endokrynologicznym dotykającym 4-8% kobiet na całym świecie. Charakteryzuje się licznymi torbielami na jajnikach, rzadkimi miesiączkami lub brakiem miesiączki oraz podwyższonym poziomem androgenów. Chociaż dokładna przyczyna pozostaje nieznana, przypuszcza się, że zwiększony poziom androgenów we krwi jest przyczyną wtórnego braku miesiączki. PCOS może być również przyczyną pierwotnego braku miesiączki, jeśli dostęp do androgenów jest obecny przed pierwszą miesiączką.