W roku 2001 WGT wprowadziła platformę umożliwiającą handel produktami rolnymi przez Internet.

W 2005 utworzono dwie spółki zależne, kontrolowane w 100% przez WGT S.A.: Izbę Rozliczeniową WGT S.A., odpowiadającą za rozliczanie transakcji terminowych i opcyjnych; e-WGT S.A., zajmującą się wyłącznie obrotem produktami rolnymi.

Natomiast w 2009 roku powołano spółkę Polski Rynek Terminowy S.A. (PRT S.A.), której jedynym akcjonariuszem jest WGT S.A.

Akcjonariat Głównym udziałowcem WGT SA była początkowo „Fundacja na Rzecz Giełdy Zbożowo-Paszowej”, ustanowiona 5 listopada 1993 przez Agencję Rynku Rolnego. W roku 2000 nastąpiło rozproszenie akcjonariatu, w wyniku którego większość udziałów przejął Zbigniew Komorowski, działacz PSL i poseł na sejm IV kadencji. W 2002 prezesem spółki został obecny lider PSL Waldemar Pawlak, który sprawował tę funkcję do listopada 2005. Wówczas prezesem zarządu został Michał Jerzak, profesor Akademii Rolniczej w Poznaniu.