W 2000 roku Aldo podpisał kontrakt z hiszpańskim Deportivo La Coruña – kosztował 13 milionów euro. W Primera División swój pierwszy mecz rozegrał dopiero 7 stycznia 2001 (połowę sezonu pauzował z powodu kontuzji), a „Depor” przegrało w nim 1:3 z Realem Valladolid. W tym samym roku został wicemistrzem Hiszpanii, a w 2002 roku powtórzył to osiągnięcie i zdobył też Puchar Hiszpanii. 10 kwietnia 2002 w spotkaniu Ligi Mistrzów z Manchesterem United dopuścił się faulu na Davidzie Beckhamie i złamał Anglikowi kość śródstopia. Na koniec sezonu Duscher był z Deportivo trzeci w lidze, podobnie jak w sezonie 2003/2004. Zespół z A Coruñi osiągnął też sukces w Lidze Mistrzów docierając do półfinału (ćwierćfinale wyeliminował A.C. Milan), ale w nim okazał się gorszy od późniejszego triumfatora, FC Porto. W kolejnych trzech sezonach nie osiągnął jednak z Deportivo sukcesów.
Latem 2007 Duscherowi skończył się kontrakt z Deportivo. Był bliski przejścia do Arsenalu i Manchesteru United, a z czasem zainteresowały się nim grecki AEK Ateny i Villarreal CF. Ostatecznie w lipcu 2007 Argentyńczyk został piłkarzem Racingu Santander, w którym zadebiutował 26 sierpnia w zremisowanym 0:0 meczu z FC Barcelona. Z Racingiem awansował do Pucharu UEFA.