Po ucieczce byłego premiera w tym samym roku i aresztowaniu go przez władze amerykańskie w związku z zarzutami prania brudnych pieniędzy, wystąpiła z partii wraz z większością deputowanych, tworząc nowe, umiarkowanie nacjonalistyczne i demokratyczne ugrupowanie Batkiwszczyna (Ojczyzna).
W wyborach prezydenckich w 1999 poparła Łeonida Kuczmę, przystępując do wspierającej prezydenta większości. W grudniu 1999 objęła urząd wicepremiera Ukrainy w rządzie Wiktora Juszczenki. Od 2000 kierowała także rządowym komitetem paliwowo-energetycznym.
Wkrótce popadła w konflikt z prezydentem i jego otoczeniem. W sierpniu 2000 jej mąż został tymczasowo aresztowany pod zarzutami niegospodarności w Zjednoczonych Systemach Energetycznych Ukrainy. Jesienią tego samego roku wszczęto również śledztwo przeciwko samej Julii Tymoszenko, która w styczniu 2001 została zdymisjonowana, a w lutym tymczasowo aresztowana pod zarzutem korupcji. W marcu sąd w Kijowie uznał zarzuty za bezzasadne i uchylił aresztowanie.