W nocy z 8 na 9 maja powrócił kanałami do getta. 9 maja wraz z polskimi pracownikami wodociągów miejskich zorganizował przeprowadzenie kanałami na aryjską stronę grupy ok. 30 bojowców, napotkanej w kanałach. 10 maja bojowcy zostali ewakuowani z kanałów włazem przy ulicy Prostej i przewiezieni podstawioną ciężarówką do lasu w Łomiankach pod Warszawą.
Uczestniczył w powstaniu warszawskim walcząc w oddziale Armii Ludowej na Starym Mieście. Brał udział w wyprowadzaniu oddziałów powstańczych kanałami na Żoliborz. W styczniu 1945 na zlecenie Armii Ludowej został wysłany do Lublina wraz z Ireną Golblum. Ich celem było nawiązanie kontaktu z Tymczasowym Rządem Polskim. Nie widząc możliwości współpracy z nowymi, komunistycznymi władzami, Ratajzer opuścił Polskę. W Budapeszcie spotkał się z Abą Kownerem i przystąpił do spisku mającego na celu zemstę na Niemcach. W planach spiskowców było zatrucie wodociągów, lub zatrucie chleba w obozach, w których alianci osadzali zidentyfikowanych esesmanów. Spisek jednak został odkryty, a Kowner aresztowany. Akcja zatrucia chleba w Dachau, którą kierować miał „Kazik”, została odwołana.