Współczesny kibuc Megiddo został założony w dniu 1 lutego 1949 roku. Jego grupa założycielska składała się z 60 żydowskich imigrantów z Polski i Węgier, którzy przeżyli Holocaust. Byli to w większości członkowie młodzieżowej organizacji syjonistycznej Ha-Szomer Ha-Cair. Natychmiast po skończeniu wojny w Europie, podjęli oni starania o wyjazd do Palestyny. Zostali jednak zatrzymani przez Brytyjczyków i osadzeni w obozie dla internowanych na Cyprze. Dopiero po proklamacji niepodległości Izraela mogli oni przyjechać do Ziemi Izraela. Grupa została podzielona między kibuce Gat, En ha-Szofet, Dan i Negba w celu wzmocnienia obrony tych osad. Równocześnie uczyli się oni rolnictwa i zdobywali potrzebne doświadczenie. Podczas I wojny izraelsko-arabskiej wzięli aktywny udział w walkach. Na początku 1949 roku przyjechali do Doliny Jezreel i wzmocnili kibuc Miszmar ha-Emek. Po krótkim czasie utworzyli oni swój własny kibuc Megiddo. Początkowo znajdował się on około 500 metrów na zachód od ruin arabskiej wioski Ladżdżun, a po kilku latach przeniósł się do obecnej lokalizacji. Pionierzy w pierwszej kolejności wybudowali magazyn, warsztaty oraz kurnik, samemu zamieszkując w prowizorycznych namiotach. W sierpniu 1949 roku wybudowano wspólną stołówkę, a pierwsze domy mieszkalne rozpoczęto budować po kilku latach w nowej lokalizacji kibucu.