Okres 1939–1945 thumb|left|Historyczny herb klubu z czasów II wojny światowej Po wybuchu II wojny światowej przeprowadzono na Górnym Śląsku delegalizację polskich organizacji sportowych. W efekcie klub powrócił do swej pierwotnej nazwy (VfR), a następnie zmienił ją na F. V Germania Königshütte i pod tą nazwą 29 października 1940 zadebiutował w Gaulidze Schlesien. W pierwszym sezonie gry w najwyższej klasie rozgrywkowej zdobył mistrzostwo Śląska (1941). W latach 1942–1944, po zmianie zasięgu terytorialnego i nazwy ligi (od sezonu 1941/1942 Gauliga Oberschlesien) trzykrotnie wywalczył mistrzostwo Górnego Śląska, dzięki czemu brał udział w rozgrywkach o puchar i mistrzostwo Niemiec, m.in. w sezonie 1941/42 odpadł z rozgrywek o mistrzostwo w 1/8 finału, przegrywając z ich późniejszym finalistą First Vienna FC 1894 w Wiedniu 0:1.
W tym okresie klub wygrywał rywalizację z najlepszymi drużynami górnośląskimi takimi jak: Vorwärts-Rasensport Gleiwitz (Gliwice), 1.