W 1940 utworzono m.in. Szkołę Budownictwa Lądowego i Wodnego, kierowaną przez prof. Edwarda Warchałowskiego, w gmachu Wydziału Architektury. W 1942 rozpoczęła działalność Państwowa Wyższa Szkoła Techniczna, w której funkcjonował Wydział Budownictwa z oddziałem komunikacyjno-wodnym. Program tej szkoły, opracowany przez profesorów Politechniki Warszawskiej, traktowano jako pierwszą część studiów politechnicznych. Studenci kontynuowali następnie naukę w ramach tajnych kompletów.
W latach 1939–1944, po częściowej odbudowie, działało Laboratorium Wodne, w którym prowadzono badania głównie na potrzeby wodociągów. Z działalnością tą związani byli m.in. prof. Kazimierz Wóycicki, inż. Stanisław Kietliński oraz mgr inż. Maria Daszkiewicz-Kuthanowa.
Powstanie Warszawskie i późniejsze niszczenie miasta przyniosły Politechnice kolejne straty. Bezpowrotnie zniszczono Laboratorium Wodne oraz przedwojenną Katedrę Wodociągów i Kanalizacji. Utracono wyposażenie, modele dydaktyczne, księgozbiory, dokumentację i znaczną część dorobku naukowego. W czasie wojny zmarli lub zginęli wybitni przedstawiciele środowiska, m.in. prof. Czesław Skotnicki, prof. Ignacy Radziszewski, prof. Kazimierz Wóycicki i inż.