Z okresu Certosy pochodzą też: Chrystus dźwigający krzyż i kartuzi (ok. 1493) przechowywany w Muzeum Miejskim w Pavii oraz Małżeństwo mistyczne św. Katarzyny z Aleksandrii (ok. 1490) znajdujące się w National Gallery w Londynie.
Również dla Certosy artysta zrealizował serię mniejszych dzieł: predelle z Historiami św. Ambrożego, Narodzenie św. Ambrożego, Konsekracja św. Ambrożego i Kazanie św. Ambrożego, Spotkanie św. Ambrożego z imperatorem Teodozjuszem i Historie św. Benedykta. Częścią tego zbioru są też niektóre Madonny z Dzieciątkiem, gdzie zaznacza się nieśmiały wpływ Leonarda: Madonna mleczna (ok. 1485) (w Accademia Carrara w Bergamo), Madonna z Dzieciątkiem (w National Gallery w Londynie) i Madonna Kartuska (w Pinakoteka Brera w Mediolanie) datowane na lata 1488-1490.
thumb|200px|Fresk Gian Galeazzo Visconti ofiarowuje Matce Bożej model Certosy W Certosie Bergognone namalował też freski w transeptach. W absydzie lewego transeptu w latach 1490-1495 powstał fresk Gian Galeazzo Visconti ofiarowuje Matce Bożej model Certosy. W absydzie przeciwległego transeptu artysta przedstawił Ukoronowanie Maryi między Francesco Sforzą a Ludovico il Moro na przepięknym błękitnym tle.