W nocy z 28 na 29.01.1944 r. grupa partyzantów sowieckich otoczyła wieś i ok. piątej rano przystąpiła do ataku, który trwał 1,5–2 godziny. Pochodniami podpalano słomiane dachy domów, do wybudzonych, uciekających mieszkańców strzelano na oślep. W wyniku ataku zginęło co najmniej 38 osób, kilkanaście zostało rannych. Część ofiar spłonęła w swych domach, część zginęła od strzału z broni palnej. Wśród ofiar byli mężczyźni, kobiety i małe dzieci. Spalono większość zabudowań, ocalało tylko kilka domów.
Atak na Koniuchy przeprowadziła 120–150-osobowa grupa partyzantów sowieckich pochodzących z różnych oddziałów stacjonujących w Puszczy Rudnickiej. Oddziały te były wielonarodowościowe. Należeli do nich m.in. partyzanci żydowscy, uciekinierzy z gett w Kownie i Wilnie.
W sprawie masakry w Koniuchach prowadzone jest śledztwo IPN. Dotychczas ustalono, że napadu dokonały radzieckie oddziały partyzanckie stacjonujące w Puszczy Rudnickiej: „Śmierć faszyzmowi” i „Margirio”, wchodzące w skład Brygady Wileńskiej Litewskiego Sztabu Ruchu Partyzanckiego, oraz „Śmierć okupantowi”, wchodzący w skład Brygady Kowieńskiej. Do oddziałów tych należeli Rosjanie i Litwini, większość oddziału „Śmierć okupantowi” tworzyli Żydzi i żołnierze Armii Czerwonej zbiegli z obozów jenieckich.