Po zakończeniu I wojny kupił gospodarstwo w Heilbrunn koło Bad-Tölz, które przekształcił w prowadzoną przez siebie klinikę. Był jej dyrektorem do 1928 roku.
Johannes Marcinowski był jednym z pierwszych zwolenników psychoterapii w NiemczechElke Mühlleitner. Johannes (Jaroslaw) Marcinowski W: International Dictionary of Psychoanalysis (red. Alain de Mijolla) s. 1011–1012. Carl Gustav Jung zwrócił Freudowi uwagę na jeden z jego artykułów, a Freud odpisał Jungowi, że „otrzymał czarujący list od Marcinowskiego, w którym deklaruje się on jako nasz zażarty zwolennik i kompan w walce. Mówi mi że trzy [jego] następne artykuły będą w różnych miejscach publikowane. Próbuje nawiązać kontakt z naszą grupą i prosi o adresy”Freud S, Jung CG. The Freud/Jung letters: The correspondence between Sigmund Freud and C. G. Jung. (William McGuire Ed., Ralph Manheim and R.F.C. Hull, Trans.). Princeton, NJ: Princeton University Press 1974, p. 231).