Śluby zakonne złożył 15 sierpnia 1931 r., a dwa lata później otrzymał święcenia kapłańskie. Po powrocie do Polski w 1935 r. zaczął pracę duszpasterską w Lublinie. Jako wykładowca w nowo utworzonym seminarium kapucyńskim uczył teologii dogmatycznej, apologetyki i reguły zakonu. Niedługo potem został rektorem seminarium i wikarym klasztoru.
Po wybuchu II wojny światowej, gdy dotychczasowy przełożony klasztoru Holender o. Jezuald Willemen wyjechał z Polski, o. Krzysztofik przejął jego obowiązki. Mimo działań wojennych i okupacji kapucyńskie seminarium rozpoczęło w październiku 1939 r. kolejny rok akademicki. Wykłady odbywały się w normalnym toku, działały też koła seminaryjne. Zakonnicy wspomagali też rannych w szpitalu wojskowym.
Po kilku miesiącach, w styczniu 1940 r., w ramach akcji likwidacji lubelskiego duchowieństwa Niemcy aresztowali wszystkich kapłanów oraz kleryków i uwięzili ich na Zamku Lubelskim. Po pięciu miesiącach o. Krzysztofik został wywieziony do obozu w Sachsenhausen, a stamtąd w grudniu 1940 r. do Dachau.
W obozie dzielił się chlebem ze swoimi współbraćmi. By chronić innych przed katorżniczą pracą, jako ochotnik zgłaszał się do najcięższych zadań. Ekstremalnie wyniszczony nadludzkim wysiłkiem i głodem trafił ostatecznie do obozowego szpitala, ważył wówczas 35 kg.