Uczeni epoki Qing winili wcześniejszych neokonfucjanistów o upadek dynastii Ming i za pomocą szczegółowych studiów filologicznych wykazywali, że ich interpretacja klasyków jest nieuzasadniona oraz wbrew ich własnym twierdzeniom wynika z wpływu idei buddyjskich i taoistycznych.
Początków określenia „neokonfucjanizm” należy szukać w myśli jezuitów, którzy zetknęli się z Chinami w XVII wieku. Matteo Ricci (1552 – 1610) w swoim dziele Tianzhu Shiyi argumentował, iż konfucjanizm uczonych epoki Song i Ming nie jest wierny oryginalnemu konfucjanizmowi uczonych starożytnych. Ten argument był rozwijany przez późniejszych jezuitów, którzy we wstępie do Confucius Sinarum philosophus „pogardliwie odnosili się do konfucjanistów epoki Song i Ming jako Neoterici Interpreters (nowocześni interpretatorzy)”. Tak zapoczątkowane rozróżnienie pomiędzy konfucjanizmem czasów Song i Ming a konfucjanizmem wcześniejszym, przyjęło się wśród europejskich uczonych, chociaż nie miało ono odpowiednika w samych Chinach.