Stopniowo jednak jego znaczenie zostało zawężone do wiązanej z Zhu Xi (1130 – 1200) jednej z dwóch głównych szkół neokonfucjanizmu, zwanej także „lixue” (理學) – „szkołą zasad” (zobacz poniżej). Z kolei uczeni epoki Qing zaczęli je stosować w odniesieniu do całego konfucjanizmu epoki Song-(Yuan)-Ming. Podsumowując, „chińskie użycie tych terminów nie jest bardziej spójne niż sinologiczne używanie terminu neokonfucjanizm”.

Neokonfucjanizm, tak samo jak sam konfucjanizm, jest terminem pochodzenia europejskiego, a nie chińskiego. Wielu historyków filozofii chińskiej, w szczególności zaś Hoyt Tillman, zwraca uwagę na niespójność pojęcia „neokonfucjanizm”, które stosuje się do myślicieli o zasadniczo różnych poglądach. Inni jednak, w tym tak zasłużeni jak Wm. Theodore de Bary, nie chcą rezygnować z tego terminu, który przyjął się już w piśmiennictwieNa ten temat zobacz polemikę Hoyta Tillmana z Wm. Theodorem de Barym na łamach Philosophy East and West: ;