Ben Gurion został przywódcą Mapai, a przez to również nieformalnym liderem jiszuwu.
Z powodu swego wkładu w uzyskanie niepodległości w wyniku wojny izraelsko-arabskiej w 1948 roku, partia uzyskała spore poparcie w trakcie pierwszych wyborów w 1949 roku. Otrzymała 35,7% głosów (wyprzedzając wyraźnie Mapam, które dostało 14,7%), co dało jej 46 na 120 miejsc w Knesecie. Ben Gurion został premierem, tworząc gabinet koalicyjny, w skład którego weszli także przedstawiciele Zjednoczonego Frontu Religijnego, Partii Progresywnej, Wspólnot Sefardyjskich i Orientalnych oraz Demokratycznej Listy Nazaretu (partii izraelskich Arabów, związanej z Mapai).
Wyniki wyborów parlamentarnych w 1951 roku były jeszcze korzystniejsze dla partii – uzyskała ona 37,3% głosów, co dało jej 47 miejsc w izbie. Ben Gurion ponownie utworzył rząd, razem z Mizrachi, Ha-Poel ha-Mizrachi, Agudat Israel, Po’alej Agudat Jisra’el oraz trzema partiami arabskimi związanymi z Mapai. Jednakże premier zaskoczył opinię publiczną swoją rezygnacją z 6 grudnia 1953 roku, po której wycofał się z polityki i osiadł w kibucu Sede Boker. Ben Gurion został zastąpiony przez Moszego Szareta.