Pierwsza wzmianka o klasztorze pochodzi z 1392 kiedy to biskup Johann z Ratyzbony informuje w liście o odpustach udzielonych dla miasta Monachium oraz klasztoru Andechs.
W 1394 powróciły do klasztoru z Monachium trzy święte hostie.
W 1416 Andechs został podporządkowany zakonnikom z Dießen (niem. Diessener Chorherrenstift). W 1423 książę Ernest zlecił wybudowanie tu trójnawowego kościoła halowego, a wzgórze nazwał Świętą Górą (niem. Heiliger Berg). Do 1425 wróciły do Andechsu pozostałe relikwie.
W 1438 wspomniano po raz pierwszy przyklasztorną gospodę.
17 marca 1455 książę Albrecht III założył tu klasztor benedyktyński i sprowadził mnichów z klasztoru w Tegernsee. W 1458 opatem klasztoru został Eberhard Stöckling a klasztor uniezależnił się od zakonników w Tegernsee.
W 1669 klasztor wraz z zabudowaniami strawił wielki pożar wywołany uderzeniem pioruna. Odbudowę klasztoru ukończono w 1675. Wtedy też wzniesiono słynną wieżę kościoła przyklasztornego zwieńczoną barokowym dachem cebulastym.