Pięć lat później Auffenberg został komendantem 36 Dywizji Piechoty w Zagrzebiu. Dwa lata później przesunięto go na stanowisko inspektora szkół korpusów. W październiku 1909 został komendantem 15 Korpusu i generałem dowodzącym w Sarajewie. W 1910 został szefem Węgierskiego Pułku Piechoty Nr 64.
We wrześniu 1911, na życzenie arcyksięcia Franciszka Ferdynanda, objął funkcję ministra wojny. W tym czasie był blisko związany z Franzem Conradem von Hötzendorfem. Jego największym przedwojennym osiągnięciem było współuczestnictwo w tajnym planie rozbudowy artylerii austriackiej przez koncern Škoda. Zgodnie z założeniami planu, firma ta miała dostarczyć do oddziałów artylerii fortecznej moździerze wielkiego kalibru, zdolnych do akcji polowych. Był także autorem nowej ustawy poborowej.
Wybuch wojny zastał Moritza Auffenberga na stanowisku dowódcy 4 Armii, którą kierował w błyskotliwy sposób, doprowadzając do klęski Rosjan w bitwie pod Komarowem.
Jednak już 30 września 1914 Auffenberg został pozbawiony dowództwa na rzecz arcyksięcia Józefa Ferdynanda i z wszelkimi honorami przeniesiony w stan spoczynku. 22 kwietnia 1915 dwór w uznaniu zasług w początkowej fazie wojny przyznał mu tytuł barona (Freiherr), z predykatem „von Komarów”.