Sukces przyczynił się do rozszerzenia projektu, planowano zbudować docelowo 4 linie o łącznej długości 62 kilometrów. W 1996 roku z w trakcie trwania kampanii prezydenckiej z nowosybirskiego metra korzystał Boris Jelcyn, który podobno nie był z niego do końca zadowolony. Problemy gospodarcze wczesnych lat dziewięćdziesiątych nie pozwoliły na kontynuowanie ambitnych projektów, a budowa kolejnych stacji (oraz plany rozbudowy metra o kolejne linie) zostały wznowione dopiero na początku XXI wieku.
Linie Linie istniejące Numer Nazwa Otwarcie Ostatnio otwarta stacja Rejony miasta Długość Liczba stacji 1 Linia Leninskaja (Ленинская) 1986 1992 zajelcowski, centralny, oktiabrskij, leniński 10,5 km 8 2 Linia Dzierżyńskaja (Дзержинская) 1987 2010 dzierżyński, żeleznodorożnyj, centralny, oktiabrskij, leniński 5,4 km5 Ogólnie 15,9 km 13
Linie planowane Numer Nazwa Rejony miasta Długość Liczba stacji 3 Linia Kirowskaja (Кировская) kirowski, leniński 13,6 km 8 4 Linia Pierwomajskaja (Первомайская) pierwomajski, dzierżyński, centralny, oktiabrskij 21,1 km 12 5 Linia Oktiabrskaja (Октябрьская) oktiabrskij, zajelcowski, dzierżyński, kaliniński, 21,2 km 10 Ogólnie 55,9 km 30