Został również wybrany najlepszym piłkarzem miesiąca w marcu 1998.
Po zakupie Richarda Wrighta, Manninger wolał zostać wypożyczony do Fiorentiny niż być trzecim bramkarzem Arsenalu. Przez cztery lata gry w Anglii zagrał w 64 meczach: 39 ligowych, 17 pucharowych i 8 Ligi Mistrzów. Z klubem zdobył również w roku 1998 mistrzostwo Anglii i jej puchar.
Serie A W Serie A zadebiutował w barwach Fiorentiny przegranym 4:1 meczem z US Lecce. Łącznie w barwach klubu z Florencji zagrał 24 mecze. Po jej degradacji do Serie C2, w lipcu 2002 Manninger przeszedł za 960 tysięcy funtów do Espanyolu Barcelona. W barwach katalońskiego klubu nie rozegrał żadnego ligowego meczu i już w styczniu 2003, 25-letni bramkarz wrócił do Włoch, by reprezentować barwy Torino FC W czerwcu tego samego roku przeszedł do Bolonii, gdzie przez rok nie zagrał w żadnym meczu ligowym, a w 2004 został wypożyczony do AC Siena. Po roku gry w Toskanii powrócił do swego pierwszego klubu Red Bull Salzburg.