Pracę duszpasterską wypełniał jako dyrektor Stowarzyszenia Dzieci Maryi w Krakowie.
Pobyt w KL Auschwitz i męczeńska śmierć Po wybuchu II wojny światowej niemiecki okupant w ramach walki z polską inteligencją rozpoczyna szykany i prześladowanie polskich duchownych, w tym księży lazarystów. 15 lipca 1940 ks. Józef Słupina razem z grupą innych współbraci z krakowskiego klasztoru zostaje aresztowany przez gestapo i uwięziony na Montelupich, gdzie był przesłuchiwany i torturowany. Następnie 30 sierpnia trafił do niemieckiego obozu koncentracyjnego KL Auschwitz i tego samego dnia zostaje bestialsko zamordowany przez ss-mana z powodu swojej sutanny i trzymania w ręku różańca św.
Proces beatyfikacyjny Jest jednym z 122 Sług Bożych wobec których 17 września 2003 rozpoczął się proces beatyfikacyjny drugiej grupy polskich męczenników z okresu II wojny światowej.