Pod panowaniem Republiki Weneckiej miejscowa nazwa uległa zmianie na Sitia (od czego pochodną jest też nazwa okolicznego regionu Lasiti). Wenecjanie, którzy w XIII wieku przejęli miasto po czwartej krucjacie, ufortyfikowali je i wytyczyli jego zabudowę, a przebudowując pobizantyjską twierdzę, stworzyli tu jeden z silnych punktów oparcia we wschodniej części Śródziemnomorza. Później Sitia była niszczona kilkakrotnie: najpierw w wyniku trzęsień ziemi (w 1303 i 1508), ponownie wskutek napaści piratów (1538) i ostatecznie w 1651 roku przez wycofujących się Wenecjan podczas walk z Osmanami o Kretę w latach 1645-1669. Po zrujnowaniu miejscowość była opuszczona przez dwa stulecia. Ponowne jej zaludnianie i odbudowa rozpoczęły się w 1870 roku, kiedy na ten teren zaczęła powracać i osiedlać się miejscowa ludność.
Zabytki i obiekty turystyczne W porównaniu z innymi kreteńskimi miejscowościami Sitia jest stosunkowo uboga w zabytkowe obiekty, do których m.in. należą stare weneckie i potureckie domy rozproszone w tarasowatej zabudowie miejskiej czy ruiny wczesnochrześcijańskiej bazyliki (po odkryciu zasypane i ukryte pod nowym budownictwem). Pod względem architektonicznym główną atrakcją historyczną jest Kazarma (gr. Καζάρμα, z wł.