Według teorii spiskowej, udostępniony zapis lotu z odnalezionej w gruzach Pentagonu czarnej skrzynki jest wielce nieprawdopodobny. Teoria głosi ponadto, że Hani Handżur, pilot bez doświadczenia, który oficjalnie został ogłoszony terrorystą pilotującym samolot w momencie uderzenia w Pentagon, nie byłby w stanie wykonać tego rodzaju manewru. Według organizacji Pilots for 911 truth na jedną sekundę przed uderzeniem samolot znajdował się powyżej poziomu budynku wnioskując, że albo zapis jest sfałszowany, albo pochodzi z innego samolotu.
System NORAD USA dysponuje bardzo zaawansowanym systemem szybkiego reagowania na wypadek nieautoryzowanego naruszania przestrzeni lotniczej o nazwie North American Aerospace Defense Command (NORAD). Według oficjalnej wersji 11 września system ten zawiódł we wszystkich 4 przypadkach. Analiza związanych z tym przyczyn i okoliczności dostarcza argumentów potwierdzających tezę, jakoby nie był to przypadek. Autorzy polskiego filmu „Enigma: 11 września – największe kłamstwo XXI wieku” zwracają uwagę na to, że myśliwce F-15 wysłane z bazy Gwardii Narodowej OTIS z zadaniem przechwycenia samolotu American Airlines Lot 11 w czasie lotu nie wykorzystywały nawet 30% swojej mocy (obliczenia na podstawie czasu lotu i odległości bazy OTIS od WTC).