Avec le concours de la Mission du bicentenaire de la Révolution française, Louvain, Peeters (Bibliothèque de l'École des Hautes Études, Section des Sciences religieuses), 1991 (direction). Religions et laïcité dans l'Europe des douze, Paris, Syros, 1994. 'La morale laïque contre l'ordre moral, Paris, Seuil, 1997. Histoire du protestantisme, Paris, PUF (Que sais-je ?), 5 édition., 1998. Une haine oubliée. L'antiprotestantisme avant le « pacte laïque » (1870–1905), avec Valentine Zuber, Paris, Albin Michel (Sciences des religions), 2000. Ouvrage couronné par l'Académie française. Religion, modernité et culture au Royaume-Uni et en France, 1800–1914, avec Séverine Mathieu, Paris, Seuil (Points Histoire), 2002. La Laïcité à l'épreuve. Religions et Libertés dans le monde (ouvrage collectif sous la direction de Jean Baubérot), Encyclopædia Universalis, 2004. Le voile que cache-t-il ?, avec Dounia Bouzar et Jacqueline Costa-Lascoux, L'Atelier, 2004. Laïcité 1905-2005, entre passion et raison, Seuil, 2004. De la séparation des Églises et de l'État à l'avenir de la laïcité, avec M. Wieviorka, éd. de l'Aube, 2005. Faut-il réviser la loi de 1905 ?, avec Jean-Paul Scot, Christian Delacampagne, Henri Pena-Ruiz, et René Rémond, Paris, PUF, mars 2005. Émile Combes et la princesse carmélite : Improbable amour, roman, éd.