Wojny polsko-szwedzkie nie spowodowały zniszczeń. Jezuici, wypędzeni z Braniewa w 1631 przejęli zabudowania klasztorne pozostałe po zakonie augustianów i utworzyli kolegium, w którym wykształciło się prawie 6 tysięcy absolwentów. W szkole kształcili się katolicy i protestanci. Jednym z rektorów (w latach 1670–1673) był Mikołaj Slaski. Kolegium w Reszlu miało mecenasa w królu Janie Kazimierzu, który utworzył fundusz stypendialny dla jego uczniów. Na dobrach żywieckich ulokował 100 tys. zł (odpowiadało to 25% rocznych dochodów dominium warmińskiego), z których 6% rocznie przekazywano do Reszla.
Rozwój miasta i zamożność mieszkańców pozwoliła na wykupienie miasta spod władzy biskupiej w 1655 Reszel w okresie baroku znany był jako miasto artystów. Zamek reszelski był jedną z rezydencji ostatniego biskupa warmińskiego Ignacego Krasickiego. W owym czasie w Reszlu funkcję proboszcza pełnił Marcin Krasicki – brat biskupa.