W roku 1894 zamieszkał w Berlinie, dając tam serię koncertów zarówno jako pianista, jak i kompozytor. Promował głównie muzykę współczesną. Kontynuował także nauczanie w Weimarze, Wiedniu i Bazylei, jego uczniem był Egon Petri. Styl jego pianistyki i filozofia muzyki wpłynęły m.in. na Claudia Arrau.
W roku 1907 opublikował Zarys nowej estetyki muzyki, przepowiadając muzykę przyszłości, w której możliwe będą podziały oktawy inne niż na tradycyjne 12 półtonów, a także wykorzystanie instrumentów elektrycznych. Jego filozofia głosząca, że Muzyka urodziła się wolna; i wygrać tę wolność to jej przeznaczenie, mocno wpłynęła na jego uczniów Luigiego Russola, Percy Graingera oraz Edgara Varèse’a, z których wszyscy odegrali zauważalne role w muzyce XX wieku.
W 1913 otrzymał francuski krzyż kawalerski Orderu Legii Honorowej.
W tym samym roku Busoni na krótko objął kierownictwo konserwatorium w Bolonii. Podczas I wojny światowej mieszkał najpierw w USA, a później w Zurychu. Odmawiał występowania w krajach biorących udział w wojnie. W 1920 roku wrócił do Berlina, gdzie prowadził zajęcia z kompozycji. Miał kilku uczniów, którzy później zdobyli sławę, między innymi Kurta Weilla, Edgara Varèse’a i Stefana Wolpego.
W 1921 został odznaczony krzyżem komandorskim Orderu Korony Włoch.