Zmasowane represje dotknęły na Ukrainie również prawosławnych uznających zwierzchność Patriarchatu Moskiewskiego.
Podczas niemieckiej okupacji ziem ukraińskich w latach II wojny światowej struktury UAKP zostają odnowione, ale po wyzwoleniu kraju większość hierarchów opuszcza Ukrainę, udając się głównie do Kanady i Stanów Zjednoczonych. W 1971 r. na czele UAKP stanął metropolita Mścisław, bratanek Symona Petlury.
W 1988 r. dzięki odwilży gorbaczowskiej zaniechano represji wobec Kościoła i antyreligijnej propagandy i umożliwiono przeprowadzenie szeroko zakrojonych obchodów tysiąclecia chrztu Rusi.
Prawosławie w niepodległej Ukrainie po 1991 r. Zmiany polityczne przełomu lat 90. XX wieku i uzyskanie przez Ukrainę niepodległości pozwoliło na odnowienie się życia religijnego.
Powstały trzy Kościoły prawosławne:
Ukraiński Kościół Prawosławny Patriarchatu Moskiewskiego, będący częścią Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego Ukraiński Kościół Prawosławny Patriarchatu Kijowskiego utworzony w 1992 r. w celu uniezależnienia się od Moskwy Ukraiński Autokefaliczny Kościół Prawosławny