Po ogłoszeniu wyników referendum wybuchły na wyspie pogromy zwolenników niepodległości wspierane przez wojsko indonezyjskie, którym kres położyła dopiero misja wojskowa ONZ – International Force for East Timor (INTERFET). 25 października 1999 Rada Bezpieczeństwa ONZ powołała United Nations Transitional Administration in East Timor (UNTAET). W wyniku zamieszek zginęło 2000 osób.
30 sierpnia 2001 odbyły się wybory do 88-osobowego Zgromadzenia Konstytucyjnego mającego przygotować przyszły ustrój państwa. W wyborach zwyciężył FRETILIN, zdobywając 55 miejsc w parlamencie. 20 września 2001 powołano rząd z premierem oraz ministrem gospodarki i rozwoju Mari al-Katiri (sekretarz generalny FRETILIN). Ministrem spraw zagranicznych został José Ramos-Horta. Zgromadzenie Konstytucyjne uchwaliło konstytucję Timoru Wschodniego 22 marca 2002 większością 72 głosów przy 14 przeciwnych. Oparta jest w zasadzie na konstytucji portugalskiej. Przewiduje przyznanie dużych uprawnień parlamentowi przy jednoczesnym ograniczeniu roli prezydenta do funkcji głównie ceremonialnych. Konstytucja zakłada świecki charakter państwa, gwarantuje obywatelom swobody demokratyczne i zawiera zasadę politycznej neutralności sił zbrojnych.