Zmarł w wieku 70 lat 21 marca 1487. Jego relikwie znajdują się w Konstancji, Lucernie i Fryburgu.
Beatyfikacja i kanonizacja W trakcie procesu beatyfikacyjnego potwierdzono fakt posiadania przez Mikołaja z Flüe specjalnych charyzmatów – przez 19 lat jego pożywieniem była wyłącznie Eucharystia. W 1648 papież Innocenty X wydał dekret De cultu immemorabili. Klemens IX 8 marca 1669 beatyfikował Mikołaja z Flüe i zezwolił na jego kult. Papież Klemens X rozszerzył jego kult na Szwajcarię. 15 maja w roku 1947 papież Pius XII dokonał jego kanonizacji, ogłaszając równocześnie św. Mikołaja głównym patronem Szwajcarii.
W roku 1678 ukończono budowę pierwszego kościoła w Sachseln na cześć Mikołaja z Flüe. Jego postaci poświęcony został jeden z ośmiu wielkich witraży projektu Józefa Mehoffera w katedrze św. Mikołaja we Fryburgu.