Latem 1996 Wohlfahrt został sprzedany z Austrii do niemieckiego VfB Stuttgart. W Bundeslidze swój pierwszy mecz rozegrał 17 sierpnia przeciwko FC Schalke 04. Był podstawowym bramkarzem Stuttgartu i w 1997 roku zajął z nim 4. miejsce w lidze. Zdobył Puchar Niemiec, a latem dotarł do finału Pucharu Ligi Niemieckiej. W 1998 roku znów był z VfB czwarty w lidze i ponownie przegrał finał Pucharu Ligi. Dotarł też do finału innego pucharu - Pucharu Zdobywców Pucharów, który 1:0 wygrała Chelsea F.C. W VfB grał do końca sezonu 1999/2000 i rozegrał dla tego klubu 118 meczów.
Latem 2000 Wohlfahrt znów został bramkarzem Austrii Wiedeń. Grał w niej jeszcze przez dwa sezony, a w 2002 roku odszedł z zespołu, w którym został zastąpiony przez Thomasa Mandla. Ostatnim klubem w karierze Franza był SC Untersiebenbrunn, w którym grał w drugiej lidze. W 2004 roku zakończył karierę w wieku 40 lat.