W 1999 roku Amerhauser znów został zawodnikiem Grazer AK. W tym samym sezonie sięgnął po swój pierwszy Puchar Austrii, a następnie kolejny już superpuchar. Oba osiągnięcia Martin z partnerami z boiska powtórzył 2 lata później, a w 2004 roku zdobył czwarty w historii klubu krajowy puchar. Swoją postawą przyczynił się też do wywalczenia pierwszego w historii GAK mistrzostwa Austrii, a w 2005 roku Amerhauser został wicemistrzem Bundesligi. W kolejnych sezonach Grazer spisywał się słabiej, a w sezonie 2006/2007 zajął ostatnią pozycję i nie otrzymał licencji na grę w drugiej lidze. Został zdegradowany do trzeciej ligi Austrii. W 2010 roku przeszedł do amatorskiego FC Lankowitz.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1993/94 SV Salzburg
Bundesliga 19 3 1994/95 SV Salzburg
Bundesliga 4 0 1994/95 Grazer AK
2.