W maju 1794 roku królowi cofnięto przywilej bicia monety, a mennica została przejęta przez Komisję Skarbową. 14 czerwca ponownie zmieniono stopę menniczą. Mennica została zamknięta w wyniku rozbiorów 9 stycznia 1796 roku. 9 czerwca 1810 ponownie rozpoczęła działalność, bijąc monety Księstwa Warszawskiego – złote, srebrne i miedziane (w latach 1810–1813 wybito ok. 64 mln jednostek) – aż do 9 czerwca 1815 (kongres wiedeński). Przez cały 1815 rok biła monety pod stemplem nieistniejącego już Księstwa Warszawskiego, z datą wsteczną 1814. Od 1 stycznia 1816 biła już monety dla Królestwa Polskiego.
16 czerwca 1817 rozpoczęto przy ul. Bielańskiej budowę nowego gmachu mennicy według projektu Piotra Aignera. W 1824 uzyskała monopol na produkcję stempli i pieczęci państwowych, na wniosek ministra spraw wewnętrznych. W czasie powstania listopadowego w 1830 mennica pełniła funkcję zakładów zbrojeniowych. 25 stycznia 1831 Sejm zdetronizował króla Mikołaja I i mennica zaczęła bić monety z godłami narodowymi.