Liczebność gatunku gwałtownie zmniejszyła się w ciągu ostatnich lat. Spadek populacji jest spowodowany w dużej mierze przez stosowanie niesteroidowego leku przeciwzapalnego (NLPZ) – diklofenaku u zwierząt gospodarskich, szczególnie w Indiach. Lek ten jest trujący dla tych ptaków, powodując niewydolność nerek i jest zastępowany przez inny lek NLPZ – meloksykam, który nie jest szkodliwy dla sępów. Sprzedaż detaliczna diklofenaku została zakazana przez prawo Indii, jednakże jest on nadal sprzedawany nielegalnie i podawany inwentarzowi.
Dzikie populacje pozostały w rejonach od północnych i wschodnich Indii przez Nepal i Bangladesz, z małą populacją w Mjanmie. Jedyna kolonia lęgowa w Azji Południowo-Wschodniej notowana jest w prowincji Stoeng Treng w Kambodży. Kolonia ta liczy według szacunków 50–100 osobników. Przetrwanie tych sępów w Kambodży może być częściowo spowodowany brakiem stosowania tam diklofenaku.
Sęp długodzioby jest ujęty w załączniku II konwencji CITES.