Obaj powrócili do Z archiwum X podczas produkcji czwartego sezonu (1996–1997). Napisali wtedy scenariusz do odcinka "Home", który został określony jako bardzo kontrowersyjny. Ich bliska znajomość z Carterem przyniosła im zatrudnienie przy jego nowej serii pt. Millenium, której produkcją zajęli się od drugiego sezonu (1997–1998), kiedy Carter zajął się innymi projektami filmowymi. Później duet pracował nad nowym serialem telewizji NBC pt. The Others.
W roku 2000 Wong wyreżyserował film pt. Oszukać przeznaczenie, do którego scenariusz stworzył razem z Morganem. Film odniósł ogromny sukces, co wkrótce doprowadziło do wyprodukowania jego drugiej części, nad którą jednak Wong i Morgan nie pracowali. Następnie Wong pracował przy filmie akcji Tylko jeden (2001), horrorze Willard (2003) wyreżyserowanym przez Morgana i przy drugim sequelu Oszukać przeznaczenie 3 (2006), znów reżyserowanym przez niego. Na początku 2006 roku wyprodukowany został remake Czarnych świąt, zatytułowany Krwawe święta, do którego scenariusz napisali James Wong i Glen Morgan, a reżyserem był Morgan. Następnie napisał i wyreżyserował film Dragonball: Ewolucja, będący filmową adaptacją znanej mangi Akiry Toriyamy.
Życie prywatne Żonaty z Teeną Wong, z którą ma trójkę dzieci.