Ponownie karta się odwraca: przyjaciele Rougona uważają zyskane względy za niewystarczające i coraz mniej może on liczyć na ich aktywne wsparcie. Kolejne skandale oraz intrygi, tym razem także działania Kloryndy, mszczącej się za to, że Eugeniusz Rougon niegdyś nie chciał się z nią ożenić, doprowadzają go do utraty stanowiska na rzecz dawnego przyjaciela Delestanga.
W finale powieści obserwujemy jednak kolejny zwrot: jest rok 1862, a ze względu na zaangażowanie kraju we Włoszech Rougon, wierny sługa cesarza, zostaje ministrem bez teki ze specjalną misją zmiany wizerunku kraju i zarazem dalszych represji. Izba Deputowanych i Klorynda uznają jego polityczny talent.
Okoliczności powstania powieści Zola napisał Jego ekscelencję Pana Ministra Rougona w dużej mierze na podstawie własnych doświadczeń związanych z pracą dziennikarską, w której zajmował się m.in. sprawozdaniami z obrad parlamentarnych. Uzupełnił je lekturą opracowań historii politycznej II Cesarstwa oraz wspomnień osób związanych z dworem.