McLaren (2005–2006) Od sezonu 2005 przeszedł do stajni McLaren. W tym roku za sprawą bolidu McLarena MP4-20 wygrał trzy wyścigi (co jest najlepszym rezultatem w jego dotychczasowej karierze), lecz nie włączył się do walki o mistrzostwo głównie z powodu długiego czasu aklimatyzacji w McLarenie i kontuzji barku, która wyeliminowała go z 2 wyścigów. Mimo wysokiej formy pozostał w cieniu swojego partnera z zespołu Kimiego Räikkönena (7 wygranych w 2005), który walczył z Fernando Alonso o tytuł mistrzowski (ostatecznie Kimi został wicemistrzem).
W sezonie 2006 Juan jedynie dwukrotnie stanął na podium (raz był 2. i raz 3.). W połowie sezonu zdecydował się na odejście z Formuły 1 i na przejście do amerykańskiej serii NASCAR. W lipcu 2006 r. poinformował o podpisaniu umowy z zespołem Chip Ganassi Racing. Kilka dni później McLaren poinformował o rozwiązaniu z nim kontraktu i zastąpieniu Juana Pedro de la Rosą.
W latach 2001–2006 wystartował w 94 Grand Prix Formuły 1, odnosząc 7 zwycięstw, 30 razy stanął na podium, 13 razy zdobył pole position, ustanowił 12 razy najszybsze okrążenie, zdobył w swoich startach 307 punktów.