Poglądy trynitarne W swoich dziełach zaatakował i potępił trynitarny system Piotra Lombarda, zarzucając mu nawet wprowadzenie czterech osób do Trójcy. Sam Joachim nie chciał mówić o trzech osobach, w istocie sprowadzał je do trzech aspektów tej samej osoby. System trynitarny da Fiore został potępiony w roku 1215 na soborze laterańskim IV, choć w dekrecie soborowym wyraźnie zaznaczono, że sam Joachim za życia dobrowolnie podporządkował się autorytetowi Kościoła i zmarł jako prawowierny katolik. Poszczególne wątki nauki Joachima były jeszcze potępiane kilkakrotnie (w 1255 m.in. herezja „wiecznej ewangelii”, w 1263 na synodzie w Arles schemat trzech epok), nigdy jednak nie potępiono ani jednego jego dzieła, ani też ich autora. Jego poglądy na Trójcę szybko poszły w zapomnienie, natomiast prawdziwą sławę przyniosły mu jego poglądy historiozoficzne.
Trójpodział dziejów thumb|left|Drzewo dziejów, z oznaczeniem trzech epok („Liber figurarum”) Historię zbawienia dzielił na trzy okresy (zwane także: erami, królestwami czy stanami), a każdy z nich na 7 części. Pierwszym był Okres Boga Ojca i Prawa – od Abrahama do odkupienia. Obowiązywał wtedy Stary Testament, Prawo, służba, wiedza, a lud wybrany skupiony był w Synagodze.