W następnym roku, flota turecka pod dowództwem kapudana paszy Kara Alego zajęła Chios. Gdy Turcy wtargnęli na wyspę, Grecy chcąc się ratować daremnie usiłowali się poddać, wychodząc na spotkanie oddziałów tureckich z uroczystą procesją. Turcy nie okazali łaski i rozpoczęła się rzeź wyspy, która trwała przez cały kwiecień 1822. Zginęło ponad 20 tysięcy ludzi, głównie mężczyzn, a głowy ich układano w piramidy. Liczbę uprowadzonych w niewolę, wśród nich większość młodych dziewcząt i kobiet ocenia się na 50–60 tysięcy. Skutkiem masakry było wyludnienie wyspy. Hekatomba ludności wyspy wstrząsnęła całą ówczesną Europą i spowodowała masowe poparcie dla niepodległościowych dążeń Greków.
Masakra w sztuce Rzeź na Chios została upamiętniona na słynnym obrazie Masakra na Chios autorstwa Eugène’a Delacroix, a także w literaturze przez wiersze Victora Hugo w cyklu Les Orientales (Poematy Wschodnie, 1829), m.in. wiersz L'enfant (Dziecko).
Odpowiedź Greków mały|Spalenie tureckiego okrętu flagowego przez Kanarisa, obraz Iwana Ajwazowskiego
W odpowiedzi na rzeź wyspy Chios Grecy postanowili spalić osmański okręt flagowy z wykorzystaniem branderów.