Jezioro to stanowi rezerwat florystyczny i faunistyczny, który chroni rzadkie gatunki roślinności torfowej i bagiennej.
Warnołty to rezerwat krajobrazowo- ornitologiczny, który zajmuje powierzchnię 338 ha. W rozległych trzcinowiskach wylęga się i bytuje wiele gatunków ptactwa błotnego, wodnego a także drapieżnego. Występują tu: łabędź niemy czapla siwa kaczka krzyżówka perkoz dwuczuby orzeł bielik kania ruda W celu zapewnienia spokoju gnieżdżącym się ptakom, obowiązuje zakaz pływania po jeziorze oraz wędkowania. Dostępność – stosunkowo dobra, w zachodniej części sporo bagien i terenów podmokłych. Ośrodki – na terenie Popielna znajduje się port na Śniardwy i czarter łodzi "Pasat Czarter". Brzegi – w większości zalesione, kompleksy leśne – zwłaszcza na terenie półwyspu, który otacza jezioro od strony zachodniej. Linia brzegowa rozwinięta z szerokim pasem roślinności przybrzeżnej. Miejscowości przybrzeżne: Warnowo, Wejsuny i osada rybacka Mikołajki. Na jeziorze obowiązuje strefa ciszy. Zbiornik przechodzi w północnej części w jez. Śniardwy, z którym łączy się przez zatokę zwaną Szyba (inna nazwa to Syba, a po niemiecku Szybba See). W południowej części znajduje się dopływ z jez.